Des de l'any 2001 i fins l'actualitat, els espais on el Centre d'Estudis dels Rius Mediterranis - Museu del Ter té acords de custòdia són els següents:
L'acord amb l'Ajuntament de Sant Vicenç de Torelló té l'objectiu de conservar i restaurar els entorns fluvials del seu municipi. Concretament, la millora de l'entorn fluvial de la colònica tèxtil de Borgonyà. Es tracta d'ordenar-hi el mosaic d'usos agrícoles, forestals, esportius, recreatius i d'horta amb el propòsit de conservar i restaurar-hi els valors existents i restaurar-hi el bon estat ecològic i la màxima biodiversitat, compaginats amb el passeig pel camí Vora Ter (GR-210)
Es basa en un doble acord: entre l’Ajuntament de Torelló i el propietari de la finca i entre l’ajuntament i el Centre d’Estudis dels Rius Mediterranis – Museu del Ter.
L’objectiu és la conservació i rehabilitació de les ribes dels rius Ges i Ter, al mateix temps que se'n donen a conèixer els seus valors naturals.
D'acord amb l'Ajuntament de les Masies de Voltregà hi ha establert un aguait per a ocells de riu i un itinerari naturalístic per donar a conèixer la importància de les dues illes i els meandres característics d'aquest tram de riu, com s'han format i la seva funció com a refugi de biodiversitat. Transcorre a través del camí Vora Ter (GR-210)
Es disposa d'un acord amb la propietat, privada, per al sector riberenc de la finca amb l'objectiu de conservar i restaruar-hi les illetes, prats riberencs, estanys temporals, bosc de ribera i roureda de roures martinenc. L'any 2010, es va restablir la funcionalitat del braç esquerre del riu Ter al nord de l'illa, aportant pedres de grans dimensions a la llera del riu per apujar-la mig metre a tota la seva mplada i repartir l'aigua entre els dos braços de l'illa.
Amb un acord de custòdia d'alta seguretat jurídica (inscrit al registre de la propietat), aquesta finca privada inclou l'illa del Sorral o de Gallifa, una de les poques illes fluvials que es conserven a l'Alt Ter que conforma hàbitats de gran potencial ecològic. S'ha actuat a l'illa i a la riba dreta del riu, fent-hi gestió sostenible del bosc de ribera, millorant l'estructura d'una salzeda ja existent, eliminant-hi una plantació de pollancres, fent un control de les espècies invasives i recuperant-hi les espècies de ribera autòctones.
Aquesta finca privada va ser el primer Refugi de Fauna Salvatge d'Osona, declarat l'any 1987. El riu Ter hi forma un petit meandre amb prats i arbres de ribera bastant continus i una de les colònies d'ocells ardèids nidificants més grans de Catalunya. L'acord amb la propietat, privada, és per restaurar-hi els ambients aquàtics i riberencs i conservar-hi els nius d'ocels aquàtics, compaginant-hi activitats ramaderes sostenibles.
D'acord amb l'Ajuntament de les Masies de Voltregà, s'ha actuat a la riba dreta del riu Ter. S'hi ha restaurat la vegetació de ribera i s'hi ha creat un itinerari naturalístic per difondre entre la població els valors d'aquesta àrea i els rius en general.
D'acord amb l'Ajuntament de Manlleu, propietari de l'espai, s'hi ha efectuat actuacions d'ordenació de l'ús públic i rehabilitació de l'espai riberenc, amb la col·laboració d l'Agència Catalana de l'Aigua i les empreses alimentàries veïnes, La Piara, SA i NUPA, SA. El manteniment es fa a través d'escoles taller i tallers d'ocupació i l'àrea de Medi Ambient de l'Ajuntament de Manlleu.
L'ajuntament de Manlleu és propietari majoritari de la resclosa de la Teula i el canal industrial de Manlleu, que es consideren un patrimoni cultural molt valuós. Amb el propòsit de fer-ne més sostenible el seu ús, s'hi va establir un dispositiu de pas per a peixos. La rampa per a peixos es troba situada al marge dret del riu Ter (oposat al canal). Està dissenyada per portar entre 490 i 2.040 litres d'aigua i per facilitar els moviments, sobretot reproductius, de barbs, bagres, truites i anguiles.
D'acord amb l'Ajuntament de Manlleu, s'hi han promogut actuacions d'ordenació de l'ús públic i rehabilitació, entre el mur de contenció i el riu Ter. S'hi conserven i restauren els ambients riberencs; s'hi controlen les espècies arbòries i arbustives foranes s'hi afavoreixen les autòctones.
El meandre del Gelabert, porpietat de l'Ajuntament de Manlleu, està ocupat pe run bosc de ribera extens, amb franges de me´s de 100 metres d'amplada, situat aiaug avall del nucli urbà de Manlleu.
S'hi estan conservant i restaurant els ambients riberencs, eliminant-hi espècies arbòries i arbustives foranes i reforçant-hi les autòctones, compaginant-hi el lleure fluvial, sobretot la pesca i el passeig pel camí vora Ter (GR-210)
D'acord amb l'Ajuntament de Vic, s'han establert les primeres bases per estencre aquest projecte de custòdia a Vic i als municipis riberencs de la conca del riu Gurri. S'hi pretén desenvolupar acords de custòdia flvuial amb propietaris i altres ajuntaments riberencs els seus valors naturals i paisatgístics.
D'acord amb l'Ajuntament de Sant Julià de Vilatorta i, al seu torn, la propietària de la finca del Lleopart, es treballa en la conservació del torrent del Lleopart i el conjunt del bosc del Lleopart. Es tracta de la roureda de roure martinenc més extensa de la Plana de Vic. És un bosc força madur, amb un domini important d'arbres centenaris que conviuen amb altres arbres i arbustos que formen un sotabosc divers. Inclou un itinerari interpretatiu d'un antic camp d'aviació de la Guerra Civil espanyola (1936-1939)